Jennifer Anne Doudna (19 de febrero de 1964) es una bioquímica estadounidense, catedrática de Química y Biología celular y molecular en la Universidad de California, Berkeley.Ha sido investigadora en el Instituto Médico Howard Hughes (HHMI) desde 1997.
Durante su estancia en el laboratorio Szotak, Doudna modificó el intrón catalítico del grupo I para convertirla en una verdadera ribozima catalítica capaz de copiar plantillas de ARN.Al reconocer las limitaciones de no ser capaz de ver los mecanismos moleculares de las ribozimas, comenzó a trabajar para cristalizar y resolver la estructura tridimensional del intrón catalítico del grupo I del protozoo Tetrahymena en 1991 en el laboratorio de Cech y continuo mientras comenzaba su profesorado en la Universidad Yale en 1994. El grupo consiguió formar cristales de alta calidad, pero tuvo dificultades con el problema de las fases debido a una unión no específica de los iones metálicos. Uno de sus primeros estudiantes de posgrado, quien después se convirtió en su esposo, Jamie Cate, decidió empapar los cristales en hexamina de osmio para imitar el magnesio. Utilizando esta estrategia, fueron capaces de resolver la estructura, la segunda estructura de ARN plegado desde el ARNt. Los iones de magnesio se agrupan en el centro de la ribozima facilitando el plegamiento del ARN, de manera similar al rol del núcleo hidrofóbico en el plegamiento de una proteína.
Doudna fue ascendida al puesto de profesor de Biofísica Molecular y Bioquímica Henry Ford II en Yale en el año 2000. En el 2002, aceptó la posición como miembro de la facultad de la Universidad de California, Berkeley como profesora de Bioquímica y Biología Molecular para estar más cerca de su familia y del sincrotrón en el Laboratorio Nacional Lawrence Berkeley. Su trabajo inicial en la solución de grandes estructuras de ARN la llevaron a hacer más estudios estructurales de la ribozima del virus de hepatitis delta (HDV), el IRES y complejos proteína-ARN como la partícula de reconocimiento de señal. Su laboratorio ahora se enfoca en un entendimiento mecanístico de los procesos biológicos que involucran el ARN. Este trabajo está dividido en tres grandes áreas: el sistema CRISPR, ARN de interferencia y controles traduccionales vía micro ARN.
En 2012 Doudna y sus colegas realizaron un nuevo descubrimiento que reducía el tiempo de trabajo necesario para editar el ADN genómico. Su descubrimiento se basa en una proteína llamada Cas9 que se encuentra en el sistema inmune de la bacteria Streptococcus "CRISPR", y que trabaja como unas tijeras. La proteína ataca su presa, el ADN del virus, y lo corta. En el 2013, Doudna dio una conferencia en TED sobre los aspectos bioéticos del uso de CRISPR.