El Cantar está compuesto por 3.730 versos divididos a su vez en tres cantares que se corresponden con tres núcleos argumentales:
Cantar del destierro
En este primer cantar se nos relata cómo el Cid abandona Castilla con sus hombres por orden del rey Alfonso VI, después de ser injustamente acusado por el conde García Ordóñez de quedarse con unos tributos recaudados a los moros. Tras dejar a su mujer doña Jimena y a sus hijas doña Elvira y doña Sol en el monasterio de San Pedro de Cardeña, el Cid acata la sentencia real e inicia fuera de Castilla una campaña militar para conseguir así el perdón del rey. En este cantar I realiza sus primeras conquistas: Alcocer y Castejón.
Cantar de las bodas
En ese segundo cantar se narra la toma de Valencia, la gran conquista del Cid. Gracias a ella el rey consiente que se reúna en esta ciudad con su mujer y sus hijas. Una vez recibidos nuevos presentes por parte del Cid, el rey lo perdona y aconseja la unión de sus hijas con los infantes de Carrión. Aunque el Cid recela de este casamiento, el cantar acaba con la solemne celebración de las bodas que dura 15 días.
Cantar de la Afrenta de Corpes
El cantar III comenza con el episodio del león que se escapa de su jaula y pone de manifiesto la cobardía de los infantes, que huyen despavoridos. Tras este hecho vuelve a recalcarse su falta de valentía en la batalla contra el rey Búcar de Marruecos (tirada 118). Los hombres del Cid se burlan de los infantes que se sienten humillados y deciden vengarse. Así emprenden un viaje con sus esposas hacia Carrión, pero en el robledal de Corpes las maltratan y abandonan dándolas por muertas. Las hijas del Cid son rescatadas y este pide justicia ante el rey. En las Cortes de Toledo se celebra el juicio donde los infantes son obligados a devolver las espadas que el Cid les entregó como dote y a batirse en un duelo, del que saldrán malparados y de nuevo humillados. De esta manera, el Cid recupera su honra por segunda vez. El cantar remata con el anuncio de las nuevas bodas de doña Elvira y doña Sol con los infantes de Navarra y Aragón.
En relación con el tema principal de la obra, podemos establecer dos grandes partes:
- 1ª parte: Cantar I y parte del Cantar II: recuperación de la honra política o militar.
- 2ª parte: final del Cantar II y Cantar III: recuperación de la honra familiar.