Os órganos colexiados de goberno do IES Fonmiñá son os que se citan a seguir:
- O Consello Escolar do centro é o órgano a través do cal participan na súa xestión os distintos membros da comunidade escolar.
- O Claustro de Profesores é o órgano propio de participación destes no goberno do centro e ten a responsabilidade de planificar, coordinar, decidir e, de ser o caso, informar sobre todos os aspectos docentes do mesmo.